所有権保存登記と登録免許税軽減の要件と証明書

所有権保存登記と登録免許税軽減

所有権保存登記の登録免許税軽減の基本

住宅用家屋の所有権保存登記では、登録免許税の本則は0.4%ですが、一定要件を満たすと0.15%に軽減されます。国土交通省と国税庁の案内では、住宅取得の負担軽減と流通促進を目的とする制度として整理されています。

参考）https://www.nta.go.jp/publication/pamph/sonota/0020003-124_01.pdf
この軽減は、個人が自己の居住の用に供する住宅を新築した場合、または建築後使用されたことのない住宅を取得した場合に使われます。適用期限は令和9年3月31日までとされており、登記のタイミングが重要です。

参考）登録免許税に関する資料 : 財務省

• 本則税率は0.4%です。




参考）住宅：住宅用家屋の所有権の保存登記等に係る特例措置 - 国土…

• 特例税率は0.15%です。




• 適用期限は令和9年3月31日です。

所有権保存登記の登録免許税軽減の要件

軽減を受けるには、床面積が50平方メートル以上であることが基本です。さらに、個人が自己の居住の用に供すること、または遅滞なく住宅の用に供することが求められます。

参考）京都市：住宅用家屋の所有権の保存登記の税率の軽減（租税特別措…
登記は新築または取得後1年以内に受ける必要があります。ここでいう取得は、建築後使用されたことのない住宅の取得も含まれますが、中古住宅の一般的な売買とは区別して読む必要があります。

参考）No.7191 登録免許税の税額表｜国税庁

• 床面積50平方メートル以上が目安です。




• 自己の居住用であることが必要です。




• 新築または取得後1年以内の登記が必要です。

所有権保存登記の登録免許税軽減の証明書

軽減税率の適用には、市区町村長の証明書などの添付が必要です。国税庁は、登記後に証明書を提出しても軽減税率は受けられないと明記しており、申請時点での添付が実務上の分岐点になります。

参考）https://www.nta.go.jp/publication/pamph/sonota/0020003-124_02.pdf
国土交通省の案内では、住宅用家屋証明について市区町村へ確認するよう案内されています。2024年7月からは、宅地建物取引業者が発行する入居見込み確認書を使える場面もあり、手続の選択肢が少し広がりました。

• 市区町村長の証明書が必要です。




• 登記申請時の添付が前提です。




• 2024年7月から入居見込み確認書の運用があります。

所有権保存登記の登録免許税軽減の特例住宅

特定認定長期優良住宅や認定低炭素住宅では、通常の住宅用家屋よりさらに有利な軽減があります。国税庁の税額表では、特定認定長期優良住宅や認定低炭素住宅の保存登記について、1,000分の1の税率が示されています。

この差は小さく見えても、課税標準が高い住宅では実額に差が出ます。住宅ローン利用時の抵当権設定登記も別枠で軽減対象となるため、建物だけでなく資金調達の登記まで一緒に確認すると抜け漏れを防げます。

• 特定認定長期優良住宅は別の特例があります。




• 認定低炭素住宅も別の特例があります。




• 抵当権設定登記にも軽減があります。

所有権保存登記の登録免許税軽減の独自視点

実務で見落とされやすいのは、土地の免税制度と住宅用家屋の軽減を混同することです。土地については、相続による保存登記や100万円以下の免税が論点になりますが、これは建物の住宅用家屋軽減とは別制度です。

参考）相続登記の登録免許税の免税措置について：法務局
また、保存登記の軽減は「新築した家屋」だけの話ではなく、「建築後使用されたことのない家屋の取得」も対象です。表面上は似ていても、課税標準、証明書、期限の3点で判断が分かれるため、申請前に登記の種類を切り分けることが重要です。

• 土地の免税と建物の軽減は別制度です。




• 未使用住宅の取得も対象に含まれます。




• 課税標準、証明書、期限の確認が重要です。

参考になる一次情報として、登録免許税の全体像は国税庁の税額表が整理しやすく、住宅用家屋の特例の概要は国土交通省の特例措置ページが実務向きです。

特に証明書の要件や添付時期は、軽減の成否を左右するため、登記の準備段階で確認するのが安全です。

国税庁の登録免許税の税額表では、本則税率と住宅用家屋の軽減、証明書添付の注意点が確認できます。
国土交通省の特例措置ページでは、住宅用家屋の所有権保存登記に関する軽減制度の概要が確認できます。